El Museo Arqueológico de Granada fue uno de los primeros fundados en España, junto a los de Barcelona y Valladolid. Entre los años 1842 y 1879, no ejerció esta función, sino que fue un Gabinete de Antigüedades dependiente de la Comisión de Monumentos de Granada, a cargo del eminente pintor Manuel Gómez-Moreno González, que, además, se encargó de recoger los primeros restos hallados en Atarfe, pertenecientes a la antigua ciudad emiral-califal de Medina Elvira (siglo VIII-XI) y otros de distintas épocas, que fueron donados a dicha Comisión.

Los esfuerzos de la Comisión de Monumentos y del Ayuntamiento de la ciudad, dieron como fruto la creación, en el año 1879, del Museo Arqueológico Provincial de Granada, formando su primera colección con los fondos de la Comisión de Monumentos, con dos secciones: Arqueológica y de Bellas Artes.

En 1917, se adquirió la Casa de Castril a los herederos del insigne arabista Leopoldo Eguilaz y Yanguas, para ubicar definitivamente el Museo. La casa se halla enclavada en la Carrera del Darro, en el antiguo barrio árabe de Axares. Es uno de las mejores palacios renacentistas de Granada y perteneció a la familia de Hernando de Zafra, secretario de los Reyes Católicos, que participó activamente en la conquista de Granada y en sus Capitulaciones. En el dintel de la puerta, está grabada la fecha de su construcción: 1539. Esta obra ha sido atribuída a Sebastián de Alcántara, uno de los más destacados discípulos de Diego de Siloé.

Desde 1984, la Junta de Andalucía asumió las competencias en materia de cultura y con ellas este Museo, comenzando así, una larga etapa de renovación y modernización.